冻结时有些细菌可能会死去，对格兰氏阴性细菌尤其是如此。但有些致病细菌对冻结有极大抵抗力，不能有把握地依靠冻结过程以减少食品中致病菌的数量。因而最重要的是在食品的制备中采取良好的加工工艺并尽可能的避免受致病的和有毒的生物体污染。对打算冻结的可疑物料进行致病和有毒生物体的检验仍是需要的。

虽然冻结不会使多种致病细菌失去活力，但却可以损害它。损害的结果之一是使它们生长很差，甚至在一些生物介质中特别是在一些有选择性的介质中，根本不生长。在用来侦查冻结物料中致病细菌的措施中通常要加上一个“复苏”阶段，这可以帮助细菌复原。

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